崇祯元年（1628年）进士，任西安府推官。后转平各地叛乱。李自成攻占北京城后，崇祯皇帝自缢死，福王监国，授史可法为东阁大学士兼礼部尚书。及称帝，史可法因遭马士英等人排挤，自请出镇淮上，加太子太保，改兵部尚书、武英殿大学士。弘光元年（1645年），清军大举南下。史可法由扬州至白洋河，部署诸镇抗敌军事。弘光朝廷大敌当前，犹内乱未已，总兵许定国诱杀高杰，率部投降清军。四月，大将左良玉以“清君侧”为名讨伐马士英，福王急召史可法入援，未至而良玉乱平。史可法奉命北返，闻盱眙降清、泗州城陷，遂奔扬州组织抵抗。城破，史可法自尽未死，为清军俘虏，不屈就义。
后人收史可法遗稿编为《史忠正公集》，清康熙间张纯修辑刻《史道邻先生遗稿》3卷。1984年，上海古籍出版社印行罗振常校补本《史可法集》。

闻名乡里
史可法（1602年—1645年5月20日），字宪之，号道邻，汉族，明末抗清名将、民族英雄。他为官清廉，坚贞不屈，是明末著名的政治家。祖籍河南郑州市中牟县后史庄，生于开封府祥符县（今开封市祥符区双龙巷）。
史可法，因祖上对朝廷的功勋得以世袭锦衣百户，称北京锦衣卫籍。传说史可法的母亲梦见文天祥来到她的屋里而受孕怀胎。
万历三十年（1602年）十一月初四日寅时，史可法出生于河南省开封府祥符县。史可法早年以孝闻名于乡，师从左光斗]。
崇祯元年（1628年），史可法登进士第，出任西安府推官，后迁户部主事、员外郎、郎中。
镇压民变
崇祯八年（1635年），史可法迁升为右参议，负责镇守池州、太平两地。同年秋，总理侍郎卢象升大举攻打农民军，史可法被改封副使，巡行安庆、池州等地，监江北军队。黄梅农民军攻掠宿松、潜山、太湖等地，史可法率军追击潜山天堂寨的农民军。
崇祯九年（1636年），滁州的农民军被祖宽击败后，逃往河南。十二月，农民军首领马守应联合罗汝才、李万庆从郧阳向东进犯，史可法转驻太湖，扼守要道。
崇祯十年（1637年），任佥都御史，巡抚安、庐、池、太及河南光州、光山、固始、罗田，湖广蕲州、广济、黄梅，江西德化、湖口。正月，农民军从安庆石牌的小路突围出去，驻扎在桐城。参将潘可大将其击败，农民军逃走途中又被庐、凤两地的军队阻拦，农民军被迫又逃回桐城，将桐城周围劫掠。史可法与潘可大率军围剿，农民军败走庐江，史可法与左良玉又在枫香驿将农民军击败。三月，潘可大与副将程龙在攻打宿松时阵亡，农民军分出同党摇天动，另外编为一营，合计八营共二十多万士兵，分别驻扎在桐城的练潭、石井、淘冲等地。总兵官牟文绶、刘良佐率军在挂车河将其击败。
崇祯十一年（1638年）夏，史可法因为长时间没有平定农民军而获罪，朝廷令他戴罪立功。
崇祯十二年（1639年），史可法因为岳父的去世而离职。丧满后，史可法被用为户部右侍郎兼右佥都御史，接替朱大典总管漕运，巡抚凤阳、淮安、扬州等地。史可法弹劾罢免了三个督粮道，增设漕储道一人，大力疏通南河，使漕务大有整治。之后，调任南京兵部尚书，参赞机密政务，由于军队久不训练，没有战斗力，史可法上奏八条改革意见。
拥立福王
崇祯十七年（1644年），史可法听闻李自成进攻北京，率军进京勤王。军队抵达达浦口时，传来北京失陷、崇祯帝朱由检自缢的消息，史可法向北失声痛哭，以头撞柱，血流到脚上。史可法为朱由检发丧，收到了张慎言、吕大器、姜曰广等人的文书：“福王朱由崧是神宗的孙子，按辈分、排行应当立为君，但是他有七大缺点：贪、淫、酗酒、不孝、虐待下属、不读书、干预官吏。潞王朱常淓是神宗的侄儿，贤良而且聪明，应当立他为君。”史可法也认为如此。但凤阳总督马士英暗地与阮大铖商议，主张立福王朱由崧，并致书史可法称论伦理、论次序都应当拥立福王。史可法告诉他们朱由崧的七个缺点，但马士英联合了操江提督诚意伯刘孔昭、镇将刘泽清、刘良佐、高杰、黄得功等人，发兵护送朱由崧到仪真，史可法只得迎接 。
朱由崧访孝陵、奉先殿，出外住在内守备府，群臣上朝拜见朱由崧，朱由崧想避开，史可法劝说：“不能回避，应当认真接受臣子的朝见。”朱由崧上朝后，开始讨论战守的问题。史可法说：“福王您应当身穿孝服，住于郊外，发兵北征，来向天下显示您一定要报国家之仇的道理。”朱由崧连声说是。第二天朝见之后，大臣们出来讨论朱由崧监国的事，张慎言说：“国虚无主，福王就此可以即皇位。”史可法说“：太子生死不明，如果有一天太子到南边来了怎么办？”诚意伯刘孔昭说“：今天已经说定了，谁敢再有更改？”史可法说：“慢慢再说吧。”于是大家退出。
第三天，朱由崧监国，朝廷推选内阁大臣，大家都推举史可法、高弘图、姜曰广。刘孔昭揎拳攘臂想入内阁大臣的行列，群臣用本朝没有勋臣入阁的先例阻止了他。刘孔昭愤愤地说：”就算我不能，马士英为什么不能入阁呢？”于是又一并推举马士英为内阁大臣，又讨论填补大臣的空缺，推选了郑三俊、刘宗周、徐石麒。孔昭推选阮大铖，史可法说：“先帝亲自定他为违逆案犯，不要再说了。”
过了两天，任命可法为礼部尚书兼东阁大学士，同马士英、高弘图是一起任用的，可法仍然掌管兵部的事务，马士英仍然督军镇守凤阳，于是和北京过去一样又制定了京军制度，侍卫部队和锦衣卫各军都列入军队进行操练，锦衣卫东西两司房，以及南北两都的抚司官，不再全部设立，以防止告密，安定人心。
调解诸将
马士英一天到晚想当首辅大臣。等到朝廷的命令发布后，他非常恼怒，就把史可法以前列举朱由崧不该立的七条理由进呈给朱由崧。然后带兵入见朱由崧，递上奏章就走了。史可法于是请求统帅军队，外出镇守淮安、扬州两地。五月十五日，朱由崧即皇帝位于武英殿，以次年为弘光元年。史可法入朝辞别，被加封为太子太保，改任兵部尚书、武英殿大学士。马士英在这一天入朝值勤，讨论把江北划分为四镇，东平伯刘泽清管辖淮、海等地，驻军泗水，经理开、归一路。总兵官刘良佐统辖凤、寿等地，驻扎在临淮，经理陈、杞一路。靖南伯黄得功统辖滁、和等地，驻军庐州，经理光州、固始一路。史可法动身后，就派遣使臣寻访已故帝、后的灵柩以及太子、二王所在的地方，并奉命前往祭告凤、泗二陵。
南明此时处在清朝、闯王两方面压力之下，史可法为首的诸臣，主要采取的策略是“联虏平寇”。希望能够借重清朝的力量，首先剿灭流寇李自成势力，再谋求后续打算。然而南明朝中却不能同仇敌忾，反而仍旧党争不断，文、武官员之间互相勾心斗角、争权夺利。东林党人与马士英、阮大铖之间的矛盾，以及姜曰广、高弘图、刘宗周等人的辞官，说明了明朝廷的无法齐心向外，也因此种下弘光朝败亡的原因。崇祯十七年七月二十八日，多尔衮致书史可法，扬言“联闯平南”，而史可法在给多尔衮回信中只是为弘光朝廷继统的合法进行辩解，没有拿出对付清军的办法。九月，清河道总督杨方兴劝说多尔衮要不惜一切代价夺取江南地区。而此时清廷对南明政权态度也发生转变，多尔衮致书史可法，以正统自居，否认弘光朝廷的合法地位，要求南明君臣无条件投降 。
史可法离开后，马士英、刘孔昭等更加肆无忌惮。刘孔昭因为张慎言推举吴甡，在大殿上闹闹嚷嚷，并持刀追杀慎言。史可法听说此事后上疏劝解，刘孔昭最终没能让福王任用吴甡。史可法祭二陵完后，上书说“：陛下刚登位时，恭恭敬敬地拜见孝陵，哭泣之声足见您心中的悲哀，路上的行人也为之感动。如果您亲自拜见凤、泗二陵，看到满目蒿莱，无鸡鸣狗吠的凄惨景象。想必会更加悲愤。我希望陛下能善始慎终，身居于高大舒适的宫殿时，能想到东北皇陵中先帝魂魄不能安息；享受宫廷的美餐时，能想到东北的皇陵中连麦子稀饭都没摆上一碗；当得到瑞应之图、吉祥符瑞时，能想到先帝储才防败，怎么还会忽然遭遇危亡？早朝晏席结束时，能想到先帝一生克俭克勤，怎么最终还是国破家亡？陛下如果办事小心谨慎，任何时候都不懈怠，已故皇上、皇后还有列祖列宗都会在冥冥之中帮助我朝中兴。假如晏乐、偏安于东南一隅，不考虑长远的策略，不辨贤人和奸人，决策不够灵活、明达，使老成的官吏离职而去，英雄豪杰裹足不前，列祖列宗在地下抱怨、担心，天命在不知不觉中他向转移，那么东南一隅也是无法保住的啊！”朱由崧予史可法以口头嘉奖。
史可法失势之后自请督师江北，前往扬州统筹刘泽清、刘良佐、高杰、黄得功等江北四镇军务机宜。当时，黄得功、刘泽清、高杰争着想要驻军扬州。高杰率兵先到扬州边界，一路大肆奸淫掳掠，所经之地尸横遍野。城中开始惧怕，登上女墙守备，高杰攻打了两个月。泽清也在淮上大肆掠夺。临淮不接纳刘良佐的军队，也遭到攻击。朱由崧命令史可法前往劝解，得功、良佐、泽清都听从命令，于是，到高杰那里去。高杰一向惧怕史可法，听说可法要来，他连夜掘出近百个土坑埋葬地面上的尸骸。第二天早上来到军营中拜见史可法，脸色和言辞都变了，汗流浃背。史可法却坦诚地接待他，跟他的偏将讲话也用温和的语气，高杰喜出望外，然而从这以后他也有点轻视史可法，开始用自己的优势兵力防护左右，文檄也一定自己过目后才肯传递。史可法简单地把他们的情况上报给福王，又把他的兵力驻守在瓜洲，高杰对此又非常高兴。等他离去后，扬州得以安定下来，史可法于是在扬州开设府署。
当时，史可法集结队伍渡江北上，随行大约有一千多精锐士兵。]计划以此为基础在扬州招募新兵，扩充军队。并请南京城支援发盔甲、倭刀、盾牌、火炮、锣锅、军费。请求包括要兵仗局发明铜甲叶数百幅。供应机房发驳回杂色缎一百疋，内厂白布发二三千疋，为钉甲表里棉甲等用。兵仗局发旧倭刀三五千把，发皮团牌二千面，发红衣大炮五十位，灭敌炮五十位，铜锅三百口。户部发红铜一万斤为打造锣锅，二三十万两白银为紧急军费。并要扬州府一带银米，允许动用。
六月，李自成被清军击败，放弃北京率兵向西逃跑，青州等各郡县开始争先恐后地杀死他设立的官员，占据城堡自卫。史可法请求朱由崧颁布监国、登极两个诏书，安抚山东、河北军队和百姓的思想。并开设礼贤馆，招收各地有才智的人，让监纪推官应廷吉主管此事。有人献策官府可以租售一些街坊地产给商贾，并让商贾筹集钱粮协助军饷，史可法认为这是人才并采纳了策略。应廷吉负责运行礼贤馆。因为这个部门缺乏资金，所以对人才的要求标准很严格，只有少数人会得到录用。大约有数十人才留在礼贤馆。
八月，史可法外出巡视淮安，检阅刘泽清的兵马。返回扬州，向朝廷请求粮饷，作为进取北方的费用。马士英吝啬不肯送发，史可法上疏朱由崧催促他。借此对朱由崧说：“近来人才日益减少，入官门路日益混乱，由此慕名之心胜而务实之心少，议论的事情很多但成功的事情很少。现在的局势更和以往不同。一定要专心于讨伐乱贼，报复国仇才行。除却筹兵筹饷不应有什么别的议论，除却治兵治饷没有人才之可言。如有捡拾空虚词句，谋取高官厚禄的人，有罚无赦！”朱由崧只以诏书回应史可法。
当时的军阀有了地盘，在各地私自设立关税，而商贾不敢行走，导致朝廷盐务无法执行，民生困苦。史可法建立扬州幕府，联络江北四镇军阀，尽量平息纷争。幕府又派遣官员，到各大军阀的地盘，监督纪律。再于幕府设立户部，让施凤仪主持扬州盐务，维持食盐市场畅通。同时设立理饷总兵周某，开展米豆贸易补给军队。期间幕府拉拢了一些商贾加入运输贸易，并分享了利润给商贾。
高杰一直请求驻扎在扬州城内，而扬州士绅极力抗议。史可法同意了高杰请求，幕府驻扎于城东侧官邸，而让高杰居住在府城西侧官邸。高杰入城之日，其妻邢氏管理士兵，号令严肃，颇为安定。期间止有一些小争端。邢氏，本是李自成的妻子，与高杰有偷情勾结。李自成发现了这一点，于是高杰带着邢氏，一起逃走了。邢氏本人，美丽而妖艳，且性格严毅，士兵都服从她。
黄得功在仪真县（今仪征）。史可法前往视察黄得功的兵马，在营地全面检阅，大赏三军发放一千两白银。当初，史可法担心高杰蛮横不法，派黄得功在仪真驻军防备他。九月，黄得功与高杰兵戎相向，高杰理亏。靠着史可法的和解事情才得以解决。当时，黄蜚队伍自山东省登州，率领队伍南下淮扬。黄得功带队三百骑兵，前往迎接，到达邗关外五十里的土桥，没穿盔甲，角巾缓带，饮马蓐食。高杰集结骑兵，埋伏布置在土桥的左右，围攻黄得功队伍。高杰队伍偷袭胜利，俘获三百骑兵的战马，而黄得功则逃走了。同时，高杰派遣一千余士兵，夜袭黄得功的大本营仪征城。城内黄得功的部队出击，歼灭了这一千人的高营兵。 黄得功和高杰之间关系恶化，于是各自整备兵力，准备大战。史可法幕府出面调解。高杰表示，虽然损失了一千多士兵，但依然愿意和解。史可法抵达仪征，停舟在吾台庵附近。当时黄得功的母亲去世，史可法前往祭拜，并调停一番，黄得功则表示也愿意和解。史可法请高杰交还三百匹战马给黄得功。但高杰只愿意交出一百匹马，都是瘦弱不堪的马。当马送到黄得功的营地时，黄得功只收取其中的一半。剩余的五十匹马，史可法挑选其中二十匹马并强行要黄得功收下，而其余三十匹马竟然陆续病死了。史可法发出三千两白银。又要求高杰交出一千两白银，发给黄得功作为丧葬礼金。终于才让双方和解了。
北京原来投降大顺的大臣们此时纷纷南下回朝，史可法上书建议说：“原籍在北方的大臣，应该让他们到吏部、兵部听候录用，否则恐怕会使他们南下回朝之心绝灭。”又说："北京的祸变，凡属臣子的都有罪愆。在北方的官吏如果都应当跟先帝一道去死，难道在南京的都不是先帝的大臣？像我不才，在南京主管枢机，马士英沾了国恩担任凤阳总督，都没有能率领东南的全部优势兵力迅速支援北都。镇守大臣刘泽清、高杰因兵力不能支持，倒过来向南方逃跑。如此说来，先应该追究的，是我们这些大臣的罪过。竟然因为圣明的陛下您入继王位，不仅没加诛杀，而且一次次得到恩典。南方的大臣如此，而单单对于在北方的大臣们毫毛不放，一概绳之以法，岂不是闲散小吏，罪责反比南枢、凤督还要重大了吗？我以为应该选择那罪状显著的降官，严加惩治，以示指教。如果大臣未曾接受乱贼的任命，或曾受乱贼刑罚的，可以撇开不加问罪。那些在北方逃避战乱，犹豫多时而后才到朝廷来的，允许他们戴罪入官，讨伐敌人，这些人可以到我领的军队里酌情录用。”朝廷经议论听取了他的意见。
高杰驻兵扬州，很不驯服，史可法对他开诚布公，用君臣的大义启发、开导他，高杰终于感悟，接受上方的领导。十月，高杰率领军队北讨，史可法到清江浦，派遣官吏在开封屯田，为经略中原地区做准备。各镇兵力划分防守地区。从王家营向北到宿迁一带最为要冲，史可法亲自负责，沿黄河的南岸筑起了一道堡垒。
北伐宿邳
十一月，爆发了邳州之战。十一月四日，史可法乘船驻于鹤镇。这天是史可法的悬弧生日。早晨，幕府收到侦察兵的紧急报告。清朝的总兵夏成德从剡城出发，在昨夜就已经进入宿迁境内。
初五日，史可法亲自统帅大军，坐船沿大运河抵达白洋河（今洋河镇），设立大本营旗纛，行誓师典礼。随后命令总兵刘肇基队伍、李栖凤队伍前往宿迁。
初八日，黎明，幕府军坐船抵达宿迁。清军旋即撤离宿迁，并且转头攻打邳州。而邳州城的官吏坚守城市，并向幕府军请求支援。刘肇基队伍、李栖凤队伍继续出战，抵达邳州城外扎营，对峙清军。
前几天，双方都没杀伤战斗。幕府军在城外搜集物资，清军则宣传说：清军是南明的朋友，希望占据城池，一起对抗其它流寇。幕府军依然驻扎城外，与清军相持半个月才解邳州之围。
清军的总兵，夏成德，给北京发战报自称杀伤明军六千多。战后，夏成德队伍继续驻扎在山东省南端，与幕府军对峙在沂水邳州一带。 
幕府胜利战报传到南京，马士英首辅既不叙功，也不犒赏。反而是任命内臣高起潜，提督江北兵马粮饷，驻扎扬州府城，监视史可法幕府。 
史可法急于筹集军费，传令光复地区要清理屯田，补助军饷。陆逊之，负责开封府一代。应廷吉，负责邳州、宿迁一带。史可法传令，尽可能收集牲畜和米麦。
防御黄河
十二月，冬季。高杰率领大军，抵达徐州。当地有盗匪程肖宇，带队归附高杰军。他们订立契约，歃血为盟，交换礼物。然而过了十天，高杰在酒宴上杀死程肖宇及其亲信，吞并盗匪队伍。高杰大军沿着黄河，继续西进，抵达永城市。当地有一个乡绅富豪，献上数千两白银。而高杰表面一起结盟，但很快趁机杀了乡绅，吞并富豪财产。高杰队伍北伐时，史可法很高兴，但又得知后续事情。于是派遣幕府官监纪通判张鑻，前往河南招抚土匪一把沙刘洪启、李际遇、杨四等，特意吩咐避开高杰队伍。此时，北伐军一路光复中原各地，有归德、开封、河南洛阳三府。南京朝廷对此任命文武官吏。张缙彦在河南省北侧，以总督兼巡抚三府，管辖各地驻军武将，王之纲、许定国、李际遇。越其杰，在河南省南侧，巡抚汝宁、南阳、黄州三府，管辖各地驻军武将，刘洪起、黄鼎、毛显文。袁枢为其部下。]凌?，巡按河南，兼督各镇，兼理河北、山东招抚。陈潜夫为其部下。正月十二日夜，高杰到达睢州后，在故袁可立府第内被河南总兵许定国杀死，史称“睢州之变”。清军乘机南下。史可法闻讯长叹无法克复中原。
正月十八日，史可法得知此事，穿戴盔甲，率幕府军出发前往徐州城。此时各将领之间互相争夺权力，都想要更多的地盘兵力。
二十二日，各将领争到几乎互相开战，几至兵刃见血。史可法出面处置，与众多将领商讨一夜，到次日天亮得出善后方案。高杰的嫡甥李本深，担任扬州提督。高杰嫡弟高某为副将。胡茂桢继续为先锋总兵，李成栋继续为徐州总兵。其余将领都各自有分配地盘和兵力。高杰的儿子高元爵，作为世子继承伯爵，继续做贵族。史可法与众将结盟，原高杰部将都表示愿意继续效忠于明朝。
春季元旦之后，天气异常恶劣，有大风吹拔树木，积雪深厚数尺至人的腰部。从冬季到春季，天气持续阴冷，没有出现晴朗的迹象。飘雪和雨水洒落不断，竟然违反了日历节气。白洋河的河床已经干涸，堆积白雪杂木，像是织就了一幅美丽的锦缎。运河无法使用，因此粮饷运输困难，黄河前线的粮饷短缺。幕府军在当地采集蔬菜茶叶，勉强度日。
寒风强劲，黄河一带军情严峻。幕府军秦士奇带队在黄河以南沿岸筑墩，放置火炮，岸墩数量极多且质量完备。多年以后，岸墩的地基依然完好。清朝调集各地军队，从山东省、北直隶抽调八旗军，在黄河沿岸对峙幕府军。
二月，高杰死讯传遍各地，黄得功带领军队，抵达扬州城下，威胁当地高营家眷。扬州城幕府军开始防守。初九，史可法得知消息，集结幕府军大队，班师前往扬州。并吩咐徐州李成栋等队伍，继续防御黄河。幕府黄日芳队伍，则作为黄河守军，驻守宿迁、邳州一带，随时支援前线。
当时有山东人，阎尔梅，抵达史可法军前，请求幕府军放弃扬州，转入山东、河北、河南的三省交界处，在这一带流动游走。而史可法拒绝了这个请求，因为幕府军士兵大多源自扬州，家庭财产大多在扬州。史可法又表示，如果阎尔梅在北方能召唤义军，可以到黄河一带，与幕府军汇合。
十五日，史可法抵达大运河邵伯镇，减免了高杰曾经设立的关税，扬州商民都很高兴并赞美史可法。并传令扬州府同知曲从直、幕府中军马应魁，直入黄得功营地质问。黄得功想要分配得到更多的地盘，他要求得到兴化、泰州、通州，包括地盘和盐务权力，但是高营将领并不答应，双方各自准备大战。幕府军支持高营军队。一直到皇帝出面，发出圣旨，由大太监卢九德手持圣旨直达军营，表态皇帝谴责黄得功，于是黄得功才撤走。
三月间。高杰死后，麾下军队分裂成数个派系，其中亲丁队伍大约有三千多士兵，此时都拥护邢氏和世子。
高杰妻邢氏担心儿子幼小，不能压众，她知道史可法没有儿子，提出让儿子拜史可法为义父。
当时民间舆论，认为是高杰身死，其妻子软弱无力，无法统辖各派系，才导致这次兵变。流传：谁唤番山鹞子来，闯仔不和谐。平地起刀兵，夫人来压寨邢夫人也；亏杀老媒婆史公也，走江又走淮。俺皇爷醉，烧酒全不采。邢氏希望将儿子，过继给史可法作为义子，互相结盟。
幕府内部讨论，担心大太监高起潜的态度。因为高起潜属于江北提督，皇帝亲信，专门监视扬州幕府，影响举足轻重。有幕僚建议，可以让邢氏母子拜高起潜为义父。邢氏设宴，母子拜高起潜为义父，而高起潜同意了。高起潜设宴邀请史可法，又表示让邢氏母子拜史可法为义父，这时史可法勉强同意。
邢氏母子和三千多士兵，都表示愿意跟随史可法。南京朝廷得知此事，于是发出新任命，以原翰林院编修，卫胤文，总督淮扬军事，专门管辖高家军队。而高家将士对此不满，卫胤文抵达扬州就任督抚，高家军没一人迎接他。此时的扬州，竟然有三个督府，分别是卫胤文、高起潜、史可法。幕府内部讨论，认为南京朝廷在分权，这是忌惮且不信任史可法。无奈之下，史可法只好离开扬州，转而驻扎泗州。 
此时，清朝豫亲王多铎，率领大军从陕西省出发，过虎牢关，入河南省，占领洛阳府、开封府、归德府。并在境内招降纳叛，扩充兵力，整顿队伍，储备物资。徐州一带的高营军李本深等队伍，崩溃逃跑。清朝又抽调八旗军，合计派遣八名参将队伍，前往济宁一带驻守。从此南下进攻邳州、宿迁。当地的幕府军防守严密，并传信至史可法。黄河报警，史可法发奏疏请求弘光皇帝亲自下圣旨，调集江北四镇联合，进入黄河战场防御，并多发钱粮犒赏，但是不了了之。
四月初一，史可法传令参将刘恒祚、游击孙桓、都司钱鼎新、于光等船队，集结出发先与黄河守军的队长黄日芳（字蠡源）在淮安城清江浦会合，然后渡过洪泽湖，向泗州进发。
初二，幕府考核提拔礼贤馆的诸生。应廷吉进行选拔试验，嘉禾归昭、昆山孙元凯等人，被授予甲等或乙等官职，还有唐大章、唐妍、张大武、陆燧等人被任命为通判、推官、知县等官职。大约二十多人被提拔，之后有十九人在扬州与史可法殉国。这天，弘光帝发诏书给史可法，要求幕府军调集兵力到长江上游，抵御左良玉。
同年四月，左良玉率数十万兵力，由武汉举兵东下，要清君侧，“除马阮” 。当时，史可法移军驻泗州，保护明朝祖陵。
初五，清朝豫亲王多铎，在归德府集结大军，沿汴水顺流而下，往东南进攻泗州。
南京朝廷举行议论，一些大臣请求加强江北防御，因为清军似乎看起来更强大。内阁首辅马士英站在皇帝身边，大骂这群大臣，说：“你们这群东林党人，借口防守江北，实际上是在纵容叛逆左良玉进犯！如果清军到来，朝廷可以考虑谈判，但如果“左逆”到来，那么我和皇帝就会死定了！”弘光皇帝表态，支持马士英。
马士英竟命史可法尽撤江防之兵以防左良玉。史可法只得兼程入援，抵燕子矶，以致淮防空虚。
左良玉为黄得功所败，呕血而死，子左梦庚率全军投降清朝。
史可法带队亲兵前往长江，并把令箭授予应廷吉，便宜行事。应廷吉率领其余队伍前往泗州。刘泽清要求取军器、火药、饷银等物。应廷吉拒绝了，并说“我们是朝廷任命的官员，是皇帝授权史可法组建的幕府，不是被藩镇委派的。藩镇的令箭，为何传到我这里！这些军器、钱粮，是受命于阁臣史可法去泗州的。我将亲自去见藩台刘泽清，面议是否交付。”应廷吉带队在高邮城，汇合李成栋，就地扎营，既是防备刘泽清，也是相机行事。
初十，史可法带兵到达南京城外草鞋峡，才得知黄得功队伍已经击退了左良玉。弘光皇帝发圣旨，清军开始南下，要求史可法速速回去扬州料理，不必进入南京。旋即皇帝又下诏书，史可法速奔赴泗州城驻守。史可法请求进入南京朝拜面见皇帝，讨论军机并请求南京派兵协防扬州，而皇帝拒绝见面。然后史可法登上燕子矶，面向南京拜了八次，悲痛地哭泣后离开了。
幕府队伍驻扎在高邮城时，接到传令：左良玉威胁南京，幕府队伍河一应军器、钱粮至南京城外浦口港。午刻又接到令箭，上面说：清军正在南下，幕府队伍驻守扬州听从调遣。晡后，又接到令箭，上面说：盱眙城紧急求援，幕府队伍可以准备前往天长城驻守。应廷吉对诸将说：这些命令显然很混乱。岂有一日三次调遣军队和粮饷？频繁的紧急情况令人惊急。扬州城必定有内部变故，南京朝廷制造了太多的干扰。应廷吉继续带队驻扎在高邮城。
史可法奉命北返，此时盱眙降清，泗州城陷。史可法遂至扬州，继续抵抗清军的进攻。
志决献身
清顺治二年（弘光元年，1645年）四月十三日，清军先锋队伍，总兵阿山、率蒙古总兵马喇希、富喇克塔、及将士前夺泗州的淮河桥。守军侯方岩的队伍，惨败，焚烧桥梁后撤走。清军在泗州集结大队，坐船渡过淮河南下。抵达盱眙城下，守军投降归顺清朝。此时，史可法昼夜急行而不顾风雨，奔入天长城，并发檄文召集诸将前去援救盱眙。突然传来盱眙城已经投降的消息。而泗州城侯方岩的队伍惨败，泗州沦陷。史可法冒着风雨，踩踏泥泞，一昼夜奔赴抵达扬州，坐镇幕府指挥事务。十四日，此时，扬州城中传言，许定国和清军已经到达扬州，意欲彻底消灭高杰家族残存军队以斩断仇怨。凌晨，高家军的邢氏带队奔向泰州，携带了大量的牲畜、舟楫。高家军大约止有数百士兵留守扬州城内，队长为都司程秀夫。史可法传信联络幕府军各队伍。并写下血书奏疏，发往南京兵部求援。
十五日，幕府黄日芳的黄河守军，沿着大运河而下汇合应廷吉队伍。正好看到北方的艅艎挂帆在江上，蜂拥而来。询问得知，这是刘泽清率领的勤王军队。应廷吉带队驻扎在高邮湖，警戒刘泽清军阀。当日有清军使者抵达高邮城一带，招降南明军队。
十六日，幕府得到情报，南下清军更多且更密集。黄日芳发檄文，召集川籍将领胡尚友、韩尚谅，各带队扎营茱萸湾。应廷吉带领幕府军汇合，驻扎在瓦窖铺，以形成防守的犄角之势。这天，刘泽清的军队撤回淮安城。
此时多尔衮劝降，史可法致《复多尔衮书》拒绝投降。四月十七日，清军进至距离扬州二十里处下营，次日兵临城下。史可法“檄各镇援兵，无一至者”。
十七日当天，清朝豫亲王多铎，率领大军抵达扬州城外二十里。派先锋队伍，宗室韩岱、梅勒章京伊尔德、护军统领阿济格尼堪、署护军统领杜尔德等，先抵达扬州城以北扎营，沿途在大运河收集舟船一百余。派右翼队伍，署护军统领顾纳代、伊尔都齐、费扬古、吴喇禅、梅勒章京阿哈尼堪、署梅勒章京格霸库等，先抵达扬州城以南扎营，沿途在大运河收集舟船二百余。
此时的幕府军，应廷吉队伍在扬州城外，扎营在瓦窖铺，何刚率领忠贯营抵达此地汇合。到中午，清军先锋快速突袭，攻击此地幕府军。而应廷吉、何刚队伍以火枪反击，驱逐了这批清军。随后，又有一批清军乘船攻击邵伯镇，幕府军胡尚友、韩尚谅队伍迎战，也击退了这批清军。恰逢南风大作，应廷吉、何刚船队乘风抵达邵伯湖，在卢家嘴地方驻扎。
十八日，清朝豫亲王多铎，率领大军抵达扬州城下，派兵列阵，炫耀武力，威逼迫降，发招降书。
幕府军各队伍入扬州城，严密防守。午刻，黄日芳、秦士奇队伍驻扎在邵伯镇，保护城外大运河。黄铉队伍负责转运内外粮食。孙芝秀、应廷吉带领队伍，驻扎在邵伯镇，也专门负责转运粮食。胡尚友、韩尚谅队伍负责护卫。史可法幕府为了准备扬州守卫战，先后筹集了饷银二三十万，兵器火药一二十万，诸多粮米，储存在大运河畔邵伯镇，由船队陆续补给扬州城守军。
郊外的居民害怕战乱，于是互相扶携要入城。无法入城者，则跪地长长地哭号，哀声震撼大地。史可法下令开放城门，让平民入城。且组织义勇守城，队长为戴之蕃、张有德。又组织医生救助，队长为医士陈天拔。
十九日，史可法传令，何刚、刘肇基队伍入驻扬州城内。刘肇基这天刚到，就建议若清军尚未集结，可以背城一战突击清军。但此时清军大队已经抵达城外，史可法回应：不可轻率出击，保持守军士气，坚守等待机会。史可法传信至南京，朝廷中央军有操江军、京营，合计水陆队伍十八万士兵，都在江边观望扬州胜败。
此时，事态危险，命运飘摇。史可法，召唤史得威，二人相持哭泣。史得威表示要与史可法同生共死，但史可法却劝说：“我为明朝死去，你应该活着帮助我家人。我母亲年事已高，而我没有子女，你要为我继承家业照顾母亲。我不负明朝，你也不要负我！”
史得威回答说：“得威不敢辜负相国（史可法），但得威出生于江南的世家豪族，没本家父母的同意，且和相国并非同宗，怎敢做相国的继承人？”
当时刘肇基在旁边哭泣地说：“相国不能顾及自己的亲人，而你不听从相国的遗言，这是对相国的辜负。”史得威听此，跪拜而接受遗令。
史可法随后写下几封遗书，分别给弘光皇帝、清朝豫王多铎、太夫人、夫人、伯叔父以及兄若弟。当函封完成后，都交给了史得威，又嘱托说：“我死后，请你将我葬在太祖高皇帝附近，如果不行，那就在梅花岭。”
然后又拿起笔写下一段话：“可法受了先帝的恩德，不能报仇雪耻；受了今上皇帝的恩德，不能保护疆土；受了慈母的恩典，不能尽孝养之责。只可惜遭逢时机未到，志愿未达。用战死来报答国家，是官员职责。唯一遗憾是不能在地下与先帝相会。”这最后一封信，交给了史得威。
四月十九日，高杰部提督李本深率领总兵杨承祖等向清豫亲王多铎投降，广昌伯刘良佐也率部投降；史可法于扬州西门楼写下四道遗书给他的家人，在他死后，希望夫人和他一起以身殉国，愿归葬钟山明太祖孝陵之侧。
二十日，清军暂时驻扎在斑竹园，砍伐树木，打造云梯，等待红衣大炮。扬州城有一名勇士，名曰押住，单骑劫营偷袭清军，勇士夺得一匹马和斩获一级头颅，成功返回扬州城。史可法赏赐勇士一袭蟒纱和一百两白银，勇士为投靠明朝的夷丁。
四二十一日，总兵张天禄、张天福带领部下兵马投降，随即奉多铎之命于二十四日参加攻取扬州。
甘肃镇李栖凤、高岐凤队伍四千人至扬州协防。幕府军的，梁以樟、应廷吉、张鑻、施凤仪和礼贤馆诸生队伍，俱入扬州城守卫。当时有人提议放弃扬州城，转移到城外二十里远的山林扎营，而史可法下令坚守扬州城市。另有礼贤馆谋士献策，在淮安城的高堰决堤，用黄河水加淮河水一起灌入扬州府，水灌清兵。史可法以民为贵，社稷次之，伤敌少，而淮扬先为鱼鳖矣，不许。
由于城墙高峻，清军的攻城大炮还没有运到，多铎派人招降史可法、淮扬总督卫胤文，遭到严词拒绝。
二十二日，多铎驻扎城外，传令归降清朝的曾经明朝官兵，到扬州城外，派使者对史可法说：“公忠诚闻于华夏，却没得到朝廷的信任，那么死去又有何益呢？”守军射箭驱逐使者。随后，又有数名使者招降，史可法派兵逮捕使者，投入护城河淹死。
甘肃镇总兵李栖凤和监军道高歧凤带领部下兵马四千入城，两人的意思却是劫持史可法，以扬州城投降清朝。史可法毅然说道：“这是我殉国的地方，你们打算做什么？如何想要富贵，请你们自便。”李栖凤、高歧凤见无机可乘，于四月二十二日率领所部并勾结城内四川将领胡尚友、韩尚良一道出门降清。
史可法以倘若阻止他们出城投降恐生内变为理由，听之任之，不加禁止。因为他们并无守城意志，反而会扰乱幕府，于是放走了。
二十三日，当时扬州城外东侧，大运河畔邵伯镇，储存有饷银二十万，兵器火药十万，诸多粮米。史可法传令，应廷吉负责管理这些粮饷，陆续转运至扬州城内，补给守军。史可法又说，自己精疲力竭，心情烦乱。应廷吉可以便宜行事。当事情完成之后，再行汇报。
二十四日，清军的红衣大炮运输队，抵达扬州城外。清军试射红衣大炮，弹丸击中扬州城官府，一颗重量十斤四两。红衣大炮射击从早晨一直到夜晚，扬州城墙损毁严重，堞堕无法修复，守军以大袋沉泥填补。有清军小队伍趁夜偷袭城墙，而幕府军击退了这些清兵。 清军攻城不利，且每日消耗物资巨大，于是多铎举行军议，商讨是否继续围攻。而孔有德和许定国，则说：“扬州无援军，再围攻几天，就可以攻陷。”
二十五日，早晨，八旗军大队集结。黄旗总兵宗室拜尹图（拜音图）、公爵图赖。蓝旗总兵阿山、费扬古、富喇克塔、杜尔德。白旗总兵宗室韩岱，兼任兵部尚书。红旗总兵阿济格尼堪、伊尔都齐（伊勒都齐）、吴喇禅、马喇希。合计总兵十一名，包括皇室宗亲二位，兵部尚书一位。估计八旗军有数万。
扬州守军内，有幕府军四名大将，刘肇基总兵，何刚总兵。中军马应魁，标营史德威。其余普通的副将大约二十名。一名大将统辖士兵 大约二三千，合计幕府士兵估计一万。再加上义勇民兵，守军估计大约二万。
豫亲王多铎传令全军出击，强攻扬州城。先以红衣大炮，集中轰击城墙西北侧，炸至崩塌，而塌陷形成缓坡。八旗军使用云梯冲锋，攀登缓坡缺口，与幕府军肉搏战斗。史可法登上城墙督战，且祭拜上天鼓舞士气，幕府军用大炮反击。八旗军死伤上千。双方火炮轰炸，崩声如雷，犹不退。城墙上下惨死无数，双方尸体堆积如山，而八旗军士兵双脚踩踏尸体继续冲锋，攻占了城墙。
扬州城陷入巷战。史可法眼见破城，持刀要自杀。参将许谨，阻止了史可法，而血溅许谨衣服。史可法没死去，便命令史得威亲自杀他，但史得威拒绝了。许谨和史得威等亲兵一起，簇拥着史可法下城，一路巷战突围到了小东门。此时副将庄子固、参将张友福、许谨，和龚士杰的二十七名骑兵，都已经身上被箭矢射中战死，只剩下史得威随从。很快又遭遇了一批八旗兵。
史可法大呼曰：“我史督师也！”被擒住后，史可法拒绝投降而被杀。
这队八旗兵很惊喜，扣押史可法到城上钟鼓楼，见豫王多铎。清军豫王多铎说：“之前多次传信请你投降，没回应。守城至今，忠义已经彰显。请先生为清朝招降收拾江南，清朝会给予先生高官厚禄。”史可法回答：“我是大明天朝的重臣，怎能苟且偷生，得罪万世！我愿速死，去和先帝一起在地下。”多铎再三劝说，但史可法坚决求死。于是多铎说：“既然你是忠臣，就要杀你以全你的名节。”史可法说：“城已经失守，我死无悔恨，但清军已经攻陷扬州城，请宽待民众。因守城而死者，只有我死就足够了，勿杀扬州人。”多铎没答应，只是下令斩杀史可法。而八旗军愤恨史可法的抵抗，于是肢解分裂了史可法的尸体，死无全尸。
史得威被逮捕，而他大声喊：“我乃史可法的儿子！”多铎下令由许定国关押此人。
幕府士兵义勇在大街小巷继续抵抗。清军多铎，传令屠城扬州。
当天，幕府有一些队伍撤退到邵伯镇。应廷吉则带队撤退到赤岸湖埜人湾，继续等待各队伍汇合。
二十六日，忠贯营许大成，带队撤退到邵伯湖北端的三沟闸，掘开河堤，淹没道路，阻挡清军。许大成带队坐船到东边沿海的富安场。
二十九日，扬州城彻底沦陷，前后五天巷战死者众多。还幸存的幕府队伍陆续撤到郊野，聚集在邵伯湖。清兵此时开始攻击邵伯湖。幕府军最终各自离开了。李成栋队伍驻扎在高邮城，已经归顺清朝，但没攻击幕府军，而是让幕府军各自离开。
扬州殉国者
都抚卫允文沉水自杀。忠贯营何刚、吴尔埙，投井自尽。知府任民育，在官府自杀，全家投井自尽。兵部右侍郎张伯鲸，战死。同知曲从直及其儿子，战死在东门。督修重城同知王缵爵、运使扬振兴，被杀。知县周志畏、罗伏龙，以及他们家人都被杀。两淮运使杨振熙，监饷知县吴道正，县丞王志端，训导李自明，都战死。南门施诚庵，在钞关门中箭死。礼贤馆的幕客，有十九名死于扬州。卢渭，死于钞关河。归昭，死于西门。顾起龙、龚之厚、陆晓、唐经世和另外十三人。
都督刘肇基，分守北门，先在城上发射火炮，又率亲兵四百人巷战，全军战死。副将乙邦才，自杀。副将马应魁，披白甲，书“尽忠报国”四字于背，巷战死。副将庄子固，先率七百士兵入扬州城防守，又与参将许谨一起巷战，中箭死。又有副将楼挺、江云龙、李豫、王思诚（字一诚）、参将陶国祚（字匡明）、冯国用、陈光玉、李隆、徐纯仁。游击李大忠、孙开忠。都司姚怀龙、解学曾。十三人，俱巷战死。
高家军，都司程秀夫。
扬州的士民死者众多，其中包括儒生高孝缵，在学宫遗诗后自杀；王士琇设庄烈帝位，哭泣祭拜，与弟自缢死；王缵、王绩、王续昆季三人，沉水死。武生戴之蕃、义勇张有德、医士陈天拔、画士陆榆、市民冯应昌、舟子刘某，都战死扬州。又有史可法的家人史书者，一起死去。 
八旗军伤亡
二十五日总进攻当天，八旗军伤亡很多，估计上千。包括有四名军官阵亡，正白旗岱纳，正黄旗祖应元，正黄旗李向舜，正黄旗金应得。
扬州战后
五月，初五日。清军多铎集结队伍南下，抵达长江北岸。
当时，高家军邢氏母子率三千亲兵奔赴泰州，瓜洲营地的高家军则渡江南下，以舟船载辎重、妇女南向。长江水师的总兵，郑鸿逵，发炮射击高家军，郑家水师出战并掠夺一千匹马、二百余艘船。高家军在瓜洲又遇上清军先锋，于是大多投降归顺了清朝。
清军进入瓜洲港口，并搜集舟船准备渡江。
南京朝廷的兵部尚书，阮大铖，虚报胜利的消息，宣传郑家水师打出了大捷胜利。还率领百官表贺，愚弄南京百姓的耳目。有人在南京朝廷驻地的东、西长安街口门柱贴上对联：福人沈醉未醒，全凭马上胡诌；幕府凯歌已休，犹听院中曲变。这对联讽刺着朝廷命运，已经陷入了虚假和混乱之中。
五月初八，清军对瓜洲房屋拆除，将门扇、栅栏、竹椅和木桌，捆绑结为一个大木牌，上面点燃灯烛，放到长江漂流。且清军大量施放火炮，混杂炮声和木牌，构成混乱的攻击氛围。南明军的长江水师，释放枪炮，全力攻击这些木牌。
与此同时，清军多铎派遣先锋八旗军，坐船从运河出发，先抵达距离瓜州以西十五里，再趁黑暗大雾下潜行至南岸。
先锋船队集结在坎坛桥，以数十人乘轻快小船飞渡，跨越最狭窄的一段水面，此地没南明军阻击。黎明天亮后，八旗军在江南登上高山，设立营帐，击鼓吹螺，虚张声势。
初九日，长江的南明水军，很快各自崩溃了。镇海将军郑鸿逵，率领水师逃往东海。其余各队水师相继逃跑。南岸的镇江城守军步兵也崩溃逃跑了，镇江城内外沦陷。清军多铎再次传令，清军大队分批次陆续坐船，渡江抵达南岸。深夜，弘光皇帝逃跑前往寻找黄得功军营，逆江而上向西。马士英很快也逃跑了。
初十日。百官上朝，才发现皇帝和首辅马士英，都已经逃跑了，皇宫太监也在各自收拾财物逃跑。
在此前的四月中旬，扬州幕府多次向朝廷报警，马士英只是坐观成败，朝廷也并没调动中央军。直到四月二十九日，幕府军突围队伍将消息传到南京。而朝廷一直认为长江是坚不可摧的天然屏障，因此仍然在进行官员的提拔和赏赐。当事情发展到兵临城下，城守却毫无准备，城内一下子陷入混乱，很多人都对这种局面感到深深的愤怒和遗憾。
暴乱的民众汹汹聚集，涌入皇宫和各大臣的府邸，四处掠夺。贵族高官府邸的财物，金银、绢布、粮食、豆类、服饰、器物、书画等宝贵物品全部被劫掠一空。在皇宫之中，民众居然拥立了一名领袖做皇帝。
十五日，清军豫王多铎抵达城外，就地扎营。贵族赵之龙，率文武大臣迎接跪拜，趴在地上不敢动。多铎赏赐饮食给他，代表接受了他归顺。赵之龙依然跪在地上饮食。多铎让归顺的官员拿出花名册，一个个点名其他南京官员，若是某官员不在迎接，则派兵传召这官员投降归顺大清。 
随后，清军入驻南京。豫王多铎一路招降纳叛，前后招降大小总兵二十三员，副将四十七员，参将游击共八十六员，马步兵共二十三万。包括大量的长江水师操江军，江南都城京营，都投降归顺了清朝。
弘光皇帝逃入太平府芜湖城，汇合了黄得功。清军多铎亦派出先锋，追击弘光皇帝。二十二日，黄得功军营得知消息，军心涣散动摇，有士兵逃跑外出抢劫居民。清军抵达芜湖，先进攻江边港口。此时黄得功军营散乱，仓促迎战之下，黄得功被箭矢射死，军阀兵惨败，许多士兵跳江游泳逃亡。黄得功原本的部将，总兵田雄、马得功，捆绑了福王及其妃子，并率领十个总兵的队伍，投降归顺了清朝，同时给清军献上了金银、缎帛、宝玉、貂皮等珍贵物品。
至此，清朝豫亲王多铎，大获全胜，扫灭弘光朝一切军事重镇，抓获皇帝。
清军占领扬州以后，因正值夏日，史可法遗体难以辨认，不知下落。一年后，其义子史德威以袍笏招魂，将其衣冠葬于扬州城天甯门外梅花岭。后来全祖望曾写《梅花岭记》描述此事。
史可法殉国后，南明赠谥“忠靖”。清乾隆三十七年（1772年），清廷赠史可法谥“忠正”。

左光斗在任学政时，风雪严寒的一天，带了几个随从，到京城地区微服私访。进入古寺，见到一个书生在厢房里伏案而卧。他拿起书生写好的草稿阅后，脱下自己的貂皮外衣，给书生盖上，并替他关好门。左光斗从寺僧那里打听出书生叫史可法。考试那天，当考场人员叫到史可法的名字时，左公惊喜不已，在其试卷上圈定为第一名。并对夫人说：“吾诸儿碌碌，他日继吾志事，惟此生耳。”左光斗能如此豁达大度，唯才是举，不为自己的子女打算，毅然定史可法为继承人。如此大胆用人，实属难能可贵。
后来史可法，听说老师被魏忠贤关进牢里，就天天在监狱外面转，想进去看他。但是监牢把守得很严，进不去。后来听说左光斗受了炮烙，眼看活不成了，史可法很着急，买通了守牢的人混了进去。他看到左光斗的时候，一下子愣住了。只见左光斗靠墙坐着，脸焦烂得简直认不出来了，小腿上筋肉全脱落了，露出血淋淋的骨头。史可法控制不住，跪下抱着老师的腿哭了起来。左光斗听见声音，知道是他最喜欢的学生史可法，可是眼睛睁不开来。他费劲地抬起手臂，用手扒开眼皮，瞪着眼喝道：“糊涂蛋！这是什么地方，你来干什么！国家已经落到这般地步，我是活不长了，你再跑到这儿来，让人害了你，谁来继承我！”
史可法伤心欲绝，不忍离开。左光斗怒骂：“蠢才！快走！不走我就打死你！”一边说，一边就摸地上的铁镣，可是手已经不听使唤了。史可法没有办法，哭着出了监牢。过了不久，左光斗就去世了。
后来，史可法常常对人谈起他的老师左光斗，总是说：“左老师的肺肝，都是用铁和石头做成的啊！”左光斗钢铁般顽强不屈的斗志，深深地影响了史可法的余生。
史可法年四十无子，李氏夫人曾欲为之娶妾，以生子嗣，史可法断然不许，称：“王事方殷，敢为儿女之私乎？”扬州之战时，史可法对史德威说：“吾尚未有子，汝当以同姓为吾后。吾上书太夫人，谱汝诸孙中。”收史德威为义子，托以临终后事。

对于史可法的下落，洪承畴也无法断定，他曾问别人史可法下落。此后的一些史书和传说更是各抒其见，说法不一。
一、缒城出走说：
明末清初史学家计六奇据《甲乙史》，在《明季南略》里较详细地记载了这方面的情况：阴历四月二十五日，“大清兵诈称黄蜚兵到”，史可法乃准蜚兵一千从西门入城，“及进，而反戈击杀。可法立城上见之，即拔剑自刎，左右持救，乃同总兵刘肇基缒城潜去。”明末清初史学家谈迁亦持此说。也有云扬州城陷后，史可法“过钞关”、“走安庆” 。乾隆《江都志》则载扬州故老言，谓当城破时，史可法“跨白骡出南门”。清代诗人许旭在山东进而赋得《梅花岭》诗，云：“相公（即史可法）誓死犹饮泣，百二十骑城头立。瞬息城摧铁骑奔，青骡一去无踪迹” 。也有人认为，清兵破扬州时，史可法“不知所在”。计六奇于顺治六年（1649年）外出，途中乘船遇一嘉兴人，此人当年从扬州抗清之役中逃出，他说城破时，史可法不知所终。
二、被俘不屈而死说：
《清实录》记道“攻克扬州城，获其阁部史可法，斩于军前。”《明史》云城破时，可法自刎未果，被部将拥至小东门而执，“可法大呼曰：‘我史督师也’！遂杀之。”其它如《雪交亭正气录》、《史外》等野史也都有大同小异之记载，持此说者认为，官修史书和野史稗乘的记载是史可法殉难于扬州之役的旁证，他们还用其它理由证明了这一史实。其理由是：
1、史可法在四月二十日左右写下的五封遗书和给其母亲、夫人的遗笔中，就已抱定“一死以报国家”之决心，而且他后来的实际行动也证明了他与城共存亡之信念。
2、刘肇基是史可法部下的一员战将，在扬州告急时，独他率部来援，中流矢而死。刘与所谓“缒城潜去”根本风马牛不相及。
3、不但是明清以来的一些正史、野史明确记载史可法死于乙酉扬州之役，而且当事人和目击者也是这样记述的。例如参加这次战争的史德威，是史可法的义子，又曾和史可法一起被俘，因此，他所著的《维扬殉节纪略》，可以说是关于史可法下落的第一手史料。该书云，扬州城陷时，史可法自刎未遂被执，多铎“相待如宾，口呼先生”，并诱以“为我收拾江南，当不惜重任也”。面对多择的劝降，史可法斥之曰：“我为天朝重臣，岂肯苟且偷生，作万世罪人哉！我头可断，身不可屈.。城亡与亡，我意已决，即劈尸万段，甘之如饴！”，遂遭杀害。原史可法的幕僚杨遇著及清军将领安珠护皆曾亲眼目睹史可法被杀支解之情形。其它如《自靖录》、《池北偶谈》和《青磷屑》等也都赞同史可法死于扬州之役。
4、出现“缒城潜去”、“不知所终”说的原因，主要是以下几点：首先是疑其为伪。当史可法被执时，一时不知真假，经向史德威和杨遇著查询才得以证实。其次是尸骨无着。因史可法是“尸裂而死”（《乙酉扬州城守略》），当时扬州尸积如山，又天气炎热，众尸蒸变，因而无法辨认。直到1646年清明后一日，史德威才举史可法的衣冠袍笏等遗物葬于梅花岭旁。最后是不愿其死的情绪。由于人们希冀史可法能幸免于难，“大江南北，遂谓忠烈未死”，所以，后来盐城、庐州等地百姓“托忠烈之名”，树旗抗清，“仿佛陈涉之称项燕”（《鲒琦亭集》）。
三、沉江说：
据张岱《石匮书后集》记载：史可法自杀未遂后，与部将逸于离城数里的宝城寺，“清兵迹之，急决战，不胜，一时尽败没”。赴水沉江说则曰，当城破时，史可法出城，渡河因马蹶溺死，或云，出东门遇清兵，赴水死。康熙年间，孔尚任所著《桃花扇》则把史可法写成投江而死，于是，“沉江”说便广为流传了。

衣冠墓
史可法衣冠墓位于江苏省扬州市。史可法壮烈殉国后，其遗体不知下落，后人将其生前穿过的袍子、帽、靴，用过的笏板，埋葬在扬州城外的梅花岭上，并在史氏宗祠东宅建立“忠烈祠”。
乾隆三十七年（1772年），清高宗追谥史可法为“忠正”，世称“忠烈公”。清高宗爱新觉罗·弘历还御笔亲题“褒慰忠魂”四字，以赞其英勇忠烈，此外还挽诗一首并命大臣咏和题跋制成手卷，置于扬州梅花岭史公祠中，并作能工巧匠摹镌勒石竖立于祠壁两旁。
纪念馆
史可法纪念馆位于江苏省扬州市广储门外街24号，南临古城河，梅花岭畔。占地6000多平方米，为省级文物保护单位史可法祠墓所在地，省级爱国主义教育基地。史可法纪念馆始建于清代乾隆年间，同治九年（1870年）重建。1956年被列为江苏省文物保护单位。1962年朱德委员长为本馆题写了馆牌。
祠墓均南向，大门临河，东墓西祠，并列通连。院正中为“飨堂”，堂前两边悬清张尔荩撰名联：“数点梅花亡国泪，二分明月故臣心”。堂内明间有云纹形梅花罩格，上悬“气壮山河”横匾。两边悬有清道光二十八年（1848年）吴熙载篆书的楹联：“生有自来文信国，死而后已武乡侯”。今祠堂两边的楹联上写着，尚张睢阳为友，奉左忠毅为师，大节炳千秋，列传足光明史牒；梦文信国而生，慕武乡侯而死，复仇经九世，神州终见汉衣冠。堂正中供奉1985年为纪念史可法殉难340周年而塑的史可法干漆夹像。飨堂后为史公衣冠墓，墓前有3门砖砌牌坊，上额“史忠正公墓”，与三面围墙形成墓域。墓地内银杏蔚秀，腊梅交柯，正中立表石墓碑，上镌“明督师兵部尚书兼东阁大学士史可法之墓”。碑后墓台上有墓冢，封土高16米。
雕塑
1985年的6月13日（农历四月二十五日）是史可法殉难340周年的纪念日，扬州市博物馆、扬州市历史学会联合举行了学术纪念活动，并在史公祠举行史可法塑像揭幕典礼。史公的塑像，由著名女雕塑家刘瑜制作。
纪念封
扬州市博物馆、扬州市文化馆集邮研究会为了纪念史可法殉难340周年特别印制了1款纪念封。纪念封的封眉由著名书法家李圣和题写，纪念封和戳由樊世盛设计。2002年，在史可法诞辰400周年的时候，扬州史可法纪念馆特别印制了《史可法诞辰400周年》纪念封。 
诗词
清初著名诗人吴嘉纪漫游扬州前往城外梅花岭凭吊史可法墓冢之后，写的一首深寓感慨之情的七言律诗。
才闻战马渡滹沱，南北纷纷尽倒戈。
诸将无心留社稷，一抔遗恨对山河。
秋风暮岭松篁暗，夕照荒城鼓角多。
寂寞夜台谁吊问，蓬蒿满地牧童歌。
1962年史可法三百六十周年诞辰，郭沫若作诗以为纪念：
“国存与存亡与亡，巍峨庙貌甚堂堂，梅花岭下遗香在，铁贡何时返故邦”。